La Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo, es una Institución reconocida a nivel nacional e internacional, por las carreras de Grado, las de Posgrado, los Institutos de Investigación, el plantel docente y la producción científica que posee.

La Facultad cuenta con carreras de grado, carreras de posgrado y una tecnicatura.

La oferta de Posgrado dentro de la Unidad Académica, incluye tres doctorados de tipo personalizados (Arqueología en proceso de categorización, Ciencias Biológicas “A” y Geología “A”) y dos maestrías: Gestión Ambiental “B” (estructurada) y Entomología “A” (semiestructurada). A esto se debe agregar dos carreras nuevas que están en proceso de acreditación: la Maestría en Museología (Fac. Artes y Fac. Cs. Naturales e IML – UNT) y el Doctorado en Riesgos Naturales y Estudios Geológicos de Campo (Fac. Cs. Naturales e IML – UNT y Fac. Cs. Matemáticas y Naturales, Universidad de Postdam, Alemania).

La Institución posee capacidades para desarrollar las tres funciones universitarias primarias que son: enseñanza, investigación y extensión. El cuerpo docente es suficiente para la oferta de carreras de la U.A. y la relación entre la cantidad de cargos, la designación y dedicación horaria de los docentes, en relación a la cantidad de alumnos, es adecuada. Se cuenta con personal de apoyo calificado y en número suficiente, como asimismo, con sistemas de registros y administración informatizados.

La Facultad posee diferentes Institutos, orientados fundamentalmente a la Investigación: el Instituto de Arqueología, el Instituto Superior de Entomología "Dr. Abraham Willink" (INSUE), el Laboratorio de Ecología Regional (IER), el Instituto de Limnología del Noroeste Argentino (ILINOA), el Instituto Superior de Correlación Geológica (INSUGEO), el Instituto de Estratigrafía y Geología Sedimentaria Global (IESGLO), el Instituto de Geociencia y Medio Ambiente (INGEMA), el Centro de Investigaciones en Química Ambiental (CIQAm), el Centro de Anillado (CENA), Centro de Estudios Epistemológicos en Ciencias Naturales (CEEN) y el Instituto de Biodiversidad Neotropical (IBN).

En extensión se realizan en forma continua actividades de vinculación con el medio, actividades de transferencia y servicios a terceros. Por otro lado existen lazos de vinculación con otras instituciones universitarias, nacionales y extranjeras.

Se promueve el perfeccionamiento del personal tanto docente como no docente y en particular, se orientan los esfuerzos hacia la formación de posgrados.

Existe un mecanismo de admisión de estudiantes: el Curso de Ingreso, el cual es obligatorio pero no eliminatorio. Se implementan sistemas de tutorías y se realizan acciones para la retención de los estudiantes; sin embargo, existe un alto nivel de deserción en el primer año y baja tasa de graduación.

La U.A, cuenta con sistemas sólidos de Becas que contribuyen con el bienestar estudiantil y garantizan la igualdad de oportunidades.

La Facultad posee dos dependencias que le permiten una fuerte vinculación con la comunidad. Estas son: la Reserva Experimental Horco Molle (Yerba Buena) y el Museo de Arqueología (San Martin 1545).

La Reserva Experimental Horco Molle: Está formada por un predio de uso experimental de 200 has. localizado en el Parque Sierra de San Javier. Fue cedido a la UNT por un acuerdo provincial en 1986 para ser administrado por la Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo, como una estrategia de conservación de áreas protegidas y el mantenimiento de los recursos genéticos nativos -in situ- de las Yungas en el NOA. Los objetivos de la reserva apuntan a constituirla en un laboratorio de campo apropiado para la investigación, la docencia y la extensión de las diferentes carreras que se cursan en la Facultad, canalizando los resultados obtenidos hacia un uso social.

Entre las principales actividades que se desarrollan en este sentido, se cuentan:

i. La producción y repoblamiento de animales silvestres.

ii. El cultivo de plantas autóctonas medicinales.

iii. La forestación de especies nativas.

iv. La determinación y cuantificación de procesos de degradación de recurso suelo, agua, asentamientos arqueológicos locales. 

Museo de Arqueología: Desde 1996 y a través del apoyo de la Fundación Antorchas, el Museo de Arqueología se está restableciendo en el predio de la antigua Escuela de Agricultura y Sacarotecnia. De esa manera, consolida su difusión y extensión a la comunidad, tal como lo atestigua la muestra permanente de Arqueología, localizada en el Centro Cultural de la UNT, con el apoyo de YPF. Las actividades de investigación y extensión y el rico patrimonio cultural del Museo son un soporte decisivo para el éxito del cambio curricular y de las innovaciones en los métodos de enseñanza que se desarrollan actualmente en todas las carreras de la Facultad de Ciencias Naturales.

Maestría en Gestión Ambiental

• Resolución 2604/05 HSC.
• Categorización "B" por CONEAU (Res. 966/12).
• Reconocimiento oficial y Validez Nacional en Trámite.

Maestría en Entomología

• Resolución 2206/01 HSC.
• Categorizada "A" por CONEAU (Res. 753/13).
• Reconocimiento oficial y Validez Nacional Res. 1863/12 Ministerio de Educación Nacional.

Maestría en Museología

• Resolución 2521/12 HCS.

La Carrera del Doctorado tiene por objeto brindar una sólida formación científica en el área de las Ciencias Naturales, en un marco del más alto nivel de excelencia académica, con el objeto de generar aportes originales en el campo de investigación elegido.

Doctorado en Ciencias Biológicas

• Creación Doctorado en Ciencias Biológicas Resolución 1007/96.
• Categorizado "A" por CONEAU (Res.750/13). 
•         Categorizado "A" por CONEAU (Res. 279/22)
• Reconocimiento Oficial y Validez Nacional Res. 3106/15 - Ministerio de Educación Nacional.

Doctorado en Geología

• Resolución 2749/00 HCS.
• Categorizado "A" por CONEAU (Res. 94/13).

Doctorado en Arqueología

• Resolución 309/12 HCS
• Categorizado "A" por CONEAU (Res. 733/13).

Doctorado en Riesgos Naturales y Estudios Geológicos de Campo

• Resolución 550/13 HSC